Căn cứ quy định tại điểm a khoản 54 Điều 1 Thông tư số 39/2018/TT-BTC ngày 20/4/2018 của Bộ Tài chính sủa đổi, bổ sung Thông tư số 38/2015/TT-BTC ngày 25/3/2015 của Bộ Tài chính quy định về thủ tục hải quan, kiểm tra giám sát hải quan... quy định:

“Điều 78. Xử lý tài sản, hàng hóa có nguồn gốc nhập khẩu khi doanh nghiệp chuyển đổi loại hình từ DNCX thành doanh nghiệp không hưởng chế độ chính sách doanh nghiệp chế xuất và ngược lại 1. Trường hợp chuyển đổi loại hình từ DNCX thành doanh nghiệp không hưởng chính sách DNCX:

a) DNCX thực hiện xác định tài sản, hàng hóa có nguồn gốc nhập khẩu chưa nộp thuế còn tồn kho và đề xuất biện pháp xử lý như chuyển mục đích sử dụng, bán, biếu, tặng, tiêu hủy tại Việt Nam hoặc xuất khẩu ra nước ngoài với cơ quan hải quan. DNCX có trách nhiệm thực hiện thủ tục hải quan tương ứng theo từng biện pháp xử lý số tài sản, hàng hóa này với cơ quan hải quan trước thời điểm được cơ quan có thẩm quyền cho phép chuyển đổi;”

Căn cứ khoản 20 Điều 4 Thông tư 219/2013/TT-BTC ngày 31 tháng 12 năm 2013 hướng dẫn về thuế GTGT quy định:

“...Hàng hóa, dịch vụ được mua bán giữa nước ngoài với các khu phi thuế quan và giữa các khu phi thuế quan với nhau.

Khu phi thuế quan bao gồm: khu chế xuất, doanh nghiệp chế xuất, kho bảo thuế, khu bảo thuế, kho ngoại quan, khu kinh tế thương mại đặc biệt, khu thương mại - công nghiệp và các khu vực kinh tế khác được thành lập và được hưởng các ưu đãi về thuế như khu phi thuế quan theo Quyết định của Thủ tướng Chính phủ.

Quan hệ mua bán trao đổi hàng hóa giữa các khu này với bên ngoài là quan hệ xuất khẩu, nhập khẩu.”

Căn cứ Điều 14, Điều 15 Thông tư 219/2013/TT-BTC ngày 31 tháng 12 năm 2013 hướng dẫn về thuế GTGT; quy định nguyên tắc và điều kiện khấu trừ thuế GTGT đàu vào.

Căn cứ khoản 4 Điều 18 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31 tháng 12 năm 2013 của Bộ Tài chính được sửa đổi, bổ sung bởi điểm b khoản 12 Điều 1 Thông tư số 26/2015/TT-BTC ngày 27 tháng 02 năm 2015 của Bộ Tài chính hướng dẫn về thuế GTGT.

Căn cứ các quy định nêu trên, trường hợp Công ty TNHH sản xuất VSM Nhật Bản có chuyển đổi loại hình từ doanh nghiệp chế xuất sang doanh nghiệp không hưởng chính sách doanh nghiệp chế xuất; Công ty thực hiện xác định tài sản, vật tư, hàng hóa có nguồn gốc nhập khẩu còn tồn kho và đã nộp thuế GTGT hàng nhập khẩu theo quy định của cơ quan Hải quan (có chứng từ nộp thuế GTGT) nếu tài sản, vật tư, hàng hóa này vẫn tiếp tục phục vụ cho sản xuất kinh doanh hàng hóa chịu thuế GTGT sau chuyển đổi thì Công ty được kê khai khấu trừ thuế GTGT đầu vào đã nộp khâu nhập khẩu tương ứng với phần giá trị còn lại của tài sản, vật tư, hàng hóa nêu trên theo quy định.